Doom – один из тех каноничных экшен-шутеров от первого лица, которому как таковой сюжет не нужен. Однако несмотря на это, сценарий в игре есть, равно как и его развитие по мере прохождения. Здесь история космического десантника является неким связующим звеном между мотивацией к уничтожению монстров и желанием добраться до конца игры, и сразиться там с главным боссом.
События игры развернутся на Марсе, а если точнее, то на просторах научно-исследовательской базы ОАК, где в ходе многочисленных экспериментов был открыт портал в Ад, откуда на Красную Планету хлынули полчища демонических созданий.