LEGO Marvel Super Heroes 2 повествует нам об антагонисте, чье могущество позволяет ему похитить все миры. События игры развернутся в огромном мегаполисе, известном как Хронополис. Основная особенность этого необычного города заключается в том, что он объединяет в себе сразу несколько вселенных. Благодаря этому у игрока есть возможность гулять по современному или нуарному Нью-Йорку, посетить Древний Египет или Англию средневекового образца.
Суть сиквела не отличается ни от предыдущей части серии Лего Марвел Супергерои, ни от других компьютерных игр, созданных по франшизе ЛЕГО.