Ролевой экшен God Eater 3 стал несколько сложнее предыдущих двух игр серии. Сложность игры выражена в усовершенствовании механики боя, вследствие чего вырос порог вхождения. Если раньше в пылкой драке с монстрами геймер нажимал 2-3 кнопки и побеждал, то теперь в процессе сражения с чудищами пользователь должен анализировать бой и применять тактику, основанную на понимании противника и знании его сильных и слабых сторон. В остальном третья часть God Eater осталась верной традициям серии: здесь вам и графика в стиле аниме, и обширный арсенал оружия, и возможность кастомизировать своего персонажа.
По части игрового процесса мы имеем типичную японскую гриндилку – игру, где весь геймплей построен вокруг сражения с монстрами. Здешними противниками выступают Арагами, так называемые существа монструозных размеров. Зачастую враг сильнее героя, и в несколько раз превосходит игрового персонажа по своим размерам. К слову о монструозности, оружие протагониста в полтора, а то и в два раза больше, чем сам игровой персонаж. Вся эта идея с гигантизмом добавляет битвам зрелищности и эпичности, поскольку всегда приятно, будучи мелким человечком, эффектно расправляться с исполинскими существами.
Здешняя боевка хоть и сложна, однако максимально разнообразна. В игре, построенной на схватках в ближнем бою, нашлось место и стрельбе из не менее эпичного оружия. Подконтрольный игроку персонаж в своем арсенале может иметь оружие, стреляющее лазерами, обычными патронами или чем-то в этом духе. Правда, заботить о боеприпасах не нужно, поскольку возможность стрельбы привязана к специальной шкале, накапливаемой в процессе сражения в контактном бою.