Местом действия экшен-шутера Crysis Warhead является все тот же тропический остров, густо заселенный корейцами и инопланетянами, тогда как сами события разворачиваются параллельно истории оригинального Кризис. Главным героем стал Майкл Сайкс «Псих», коллега Номада. Новый протагонист примыкает к группе американских морских пехотинцев, которые подвергаются атаке толстощекого корейского полковника.
По сюжету, между пехотинцами и отрядом полковника Ли происходит перестрелка, в ходе которой корабль вертикального взлета Майкла Сайкса терпит крушение, а злодей, тем временем, успешно скрывается с места событий на своем вертолете, прихватив вместе с собой контейнер с загадочным содержимым внутри. Задача протагониста заключается в том, чтобы выследить местоположение пресловутой «коробочки» и узнать, что же на самом деле находится в ней. Есть предположение, что там может быть передовое оружие, разработанное специалистами Ли на основе инопланетных технологий.
Crysis Warhead правильнее всего расценивать как работу над ошибками, допущенных в оригинальном Crysis. В Вархед разработчики учли замечания игроков, недовольных тем, что в предыдущей игре порой становилось очень тоскливо бегать из пункта «А» в пункт «Б». Теперь заскучать не удастся, поскольку мир в игре в буквальном смысле живет: постоянно что-то происходит, над головой летают истребители, повсюду шастают патрули корейцев, инопланетяне появляются из-под земли, а напарники храбро воюют.
Изменения также затронули и искусственный интеллект: поумнели не только напарники, но и противники. Последние, будучи атакованными, не стесняются вызвать подкрепление, от чего их количество иногда приближается к запредельному.