Metal Gear Solid 2: Substance – тактический боевик от третьего лица с геймплеем, ориентированным на прохождение в режиме скрытности. Как правило, игроку в большинстве случаев предстоит выполнять задания по проникновению во вражеский тыл. Что примечательно, игрок должен максимально избегать лобовых встреч с противником. При обнаружении главного героя охранниками будет поднята тревога и, как следствие, уровень закончится провалом.
Дабы избежать встречи с охраной, главный герой Солид Снейк может задействовать довольно много шпионских приемов. Главный герой способен целиться из оружия, переключаясь в режим от первого лица. Прицеливание – один из важных элементов местного геймплея, поскольку винтовка с глушителем или пистолет позволяют избавиться от противника самыми разными способами, при этом, далеко не всегда убивая его. Цель можно отвлечь, бросив пустой магазин от оружия, и украдкой пробежать за спиной.
Во второй части Metal Gear Solid разработчики научили Солида Снейка новым трюкам. Если раньше главный герой топотал как слон, то теперь он может на присядках перебегать от укрытия к укрытию. Как и прежде, протагонист может прижаться к стене и заглянуть за угол, однако теперь эта механика была дополнена возможностью ведения стрельбы. Интересно сморится и новая возможность запугивания застигнутого врасплох охранника – подкравшись сзади, геймер может навести на цель оружие и при помощи угроз отобрать у противника боеприпасы и оружие, оглушив того в конце и оставив в живых. Игра поощряет более-менее гуманные методы прохождения.